Fakultas ini merupakan salah satu pilar utama IKIP Makassar sejak didirikannya pada tahun 1965. Sebelumnya, masih bentuk BI Negeri bersama BI Bahasa Indonesia. Pada tahun 2961, kedua Kursus BI ini diintegrasikan ke dalam Universitas Hasa nuddin dan menjadi jurusan Ilmu Pasti dari FKIP. Setelah IKIP Lepas dari Unhas dan berdiri sendiri sebagai IKIP Makassar, mula-mula bernama Fakultas Keguruan Ilmu Eksakta (FKIE) IKIP Makassar, kemudian berubah menjadi Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FPMIPA) IKIP Ujung Pandang, setelah IKIP dikonversi menjadi UNM menjelma menjadi Fakultas Matematika dan Ilmu pengetahuan Alam (FMIPA). Pada tahun 1965, FKIE IKIP Makassar baru terdiri dari tiga jurusan, yaitu Jurusan Ilmu Pasti, Ilmu Alam, dan Ilmu Hayat dengan dekan E. Agussalim Mokodompit M.A.
Pada tahun 2007, Fakultas yang berlokasi di Kampus Parang Tambung ini membawahi lima jurusan, yaitu Matematika, Fisika, Kimia, Biologi dan Geografi. Setiap jurusan mengasuh dua program studi yaitu Program Studi Kependidikan yang menghasilkan Sarjana Pendidikan (S.Pd) dan Program Studi nonkependidikan yang menghasilkan Sarjana Sains (S.Si). Potensi Staf pengajar pada setiap jurusan sekitar 60% S2, 20% S3, dan sisanya adalah S1. Dalam waktu dekat potensi staf pengajar tersebut akan berubah dengan selesainya mengikuti program S3 yaitu untuk Jurusan Matematika, Fisika dan Kimia. Antara Program Studi kependidikan dan nonkependidikan memiliki kesamaan materi perkuliahan setara dengan enam semester (kurang lebih 100 SKS dari 147-150 SKS untuk penyelesaian program S1). Lulusan Program S1 kependidikan (S.Pd) dapat mengikuti program S1 nonkependidikan untuk memperoleh gelar S.Si, dan sebaliknya lulusan program non kependidikan (S.Si) dapat meraih gelar S.Pd dengan mengikuti satu paket program selama dua semester.